Jag hittade problemet: istället för protonvpn-stable.list, var filen i /etc/apt/sources.list.d/ protonvpn-stable.list.distUpgrade. Innehållet i filen var okej, så jag döpte om den, och sedan installerades det korrekt efter att ha kört sudo apt update.
Jag “sudo mv” den för att byta namn från terminalen. Jag hittade det exakta kommandot jag använde i historiken: sudo mv /etc/apt/sources.list.d/protonvpn-stable.list.distUpgrade /etc/apt/sources.list.d/protonvpn-stable.list